Ciononostante, la Cooperativa di Villa Cortese proseguì nella sua attività, attraversando ben difficili momenti quali, negli anni della seconda Guerra Mondiale, l’ufficializzazione della mancanza di liquidità per pagamenti “a pronta cassa oppure a breve scadenza”. Le difficoltà economiche continuarono a pesare fino alla fine degli anni ’50, benchè la società non lesinasse la propria generosità nei confronti dei principali organismi sociali presenti sul territorio. 
Da quel momento in avanti inizierà la ripresa della Cooperativa, agevolata da una svolta che porterà ad abbandonare una conduzione di tipo “familiare” per dotarsi di un sistema tecnico-amministrativo più adeguato alla struttura ed al volume d’affari raggiunto.
E’ a questo punto che entra in scena la figura di Angelo Franchi, recentemente scomparso, dapprima direttore e quindi Presidente della società per lunghi anni. Con il suo ingresso in Cooperativa si è avuta la trasformazione di una piccola attività in una struttura capace di coniugare i principi cooperativi e le esigenze di mercato e dei soci consumatori.
Negli anni ’60 inizia a maturare il progetto di unificazione che, gradualmente nel corso degli ultimi decenni, ha portato all’unificazione di quasi tutte le piccole Cooperative della zona dell’Alto Milanese (originando così quella che è l’attuale Cooperativa Alto Milanese) e che ha visto l’apice con l’incorporazione, nel 2005, della Coop Ticino-Olona, titolare di ben undici negozi.
Tale progetto non si è poi arrestato, giungendo nel 2006 a vedere anche la conclusione dell'unificazione con la Cooperativa Edificatrice e di Consumo di Magnago (Bienate) e con la Cooperativa di Consumo Sant'Ambrogio, di Vanzaghello. Tale unificazione è stata concordata con decorrenza dal 1° gennaio 2007.